Le basket de haut niveau a débuté à Mulhouse sous le nom de : Le Foyer Alsacien Mulhouse.

C’est dans les années 1920 que le club se fait connaitre pour ses bonnes prestations dans le championnat de France.

Il a été sacré 7 fois champion de France : 1924, 1925, 1926, 1928, 1929, 1930, 1931

Son plus grand rival de l’époque est un autre club mulhousien : le Cercle Athlétique Mulhousien. C’est dire que le basket à Mulhouse n’est pas né d’hier.

En 1935 et 1937 le CA Mulhouse est sacré champion de France. Mulhouse domine le basket français car en 14 ans, la ville ramène 9 titres. De surcroit en 1937, le CA Mulhousien est sacré champion de France féminine dès la première année de création du championnat.

Jusqu’en 1949, le sport en général reste dans l’anonymat, l’après-guerre à d’autres priorités. Et c’est cette même année que le Foyer Alsacien Mulhouse disparaît, car en fusionnant avec un autre club « l’espérance de Mulhouse », naît une nouvelle entité : le Mulhouse Basket Club (MBC).

En 1970, nouvelle fusion avec le SREG Mulhouse relégué de Nationale 2 en Nationale 4. Deux divisions, y aurait-il eu un trou dans la caisse ? Mais le MBC s’en sort bien puisqu’il accède alors en Nationale 3 à la fin de sa première saison. Il lui faudra trois ans pour atteindre la Nationale 2 (1974) avec en prime le titre de champion de France de Nationale 3. Avec Carmine Calzonetti, arrivé comme entraîneur en 1976 en provenance de Nantes, le club monte en Nationale 1 (Actuelle Pro A) en 1978. En 1985, Jean-Luc Monschau natif de Mulhouse devient le nouvel entraineur. Sous son coaching le club, habitué aux tréfonds du championnat, remonte la pente et accroche les play-offs. Sa plus belle victoire reste celle du Tournoi des As (1989), bien emmené par Philip Szanyiel (futur entraineur du club) et Jean-Aimé Toupane (futur parrain du club) et sur un magistral tire à 2 points de Ron Davis à la dernière seconde du match. Le MBC joue 2 années consécutives en Coupe Korać (coupe d’Europe), et atteint même la demi-finale en 1991 face à Cantù. Cette même année 1991, voit l'arrivée à Mulhouse d'un joueur: Joe « JellyeBean » Bryant, père de la star de NBA Kobe Bryant, il avait 13 ans à l'époque.
Après la gloire de la coupe d’Europe, le club trébuche lourdement et se voit rétrogradé en Nationale A2 pour raisons financières cette même année.
Le MBC qui a fait rêver disparaît de la Nationale A1 et devient le FCM Basket.
Mais ces problèmes financiers que l’on aurait cru réglés vont causer une relégation administrative (pour cause de déficit en 1994). Il faut repartir à zéro, et grâce à l’aide de Pat Burtey, le club remonte 3 divisions en 3 années pour retrouver la ProB dès 1997. Les dirigeants font miroiter une montée en ProA qui coïnciderait avec le nouveau millénaire (2000). Cette montée n’arrivera jamais car Mulhouse sera trop irrégulier.

C’est alors que le basket mulhousien Mulhouse inscrit dans son histoire les pages les plus noires. En 2006/2007, le club, toujours aussi irrégulier et en manque de victoires est relégué en Nationale 1. Cette année coïncide avec un changement au niveau des championnats et donc c’est 4 équipes qui descendent en N1, dont Antibes (autre grand club du basket français), 16ème du classement.
Au courant du mois de novembre 2007, le club dépose le bilan suite à une dette datant de 2001. Fin 2008, le club est relégué sportivement en Nationale 2. Mais sans l'aide financière nécessaire, le club se voit dans l'obligation de faire faillite. Il redémarre donc en Prénationale pour la saison 2008/2009. Saison très difficile, le club se sauve lors des derniers matchs.

Pour 2009/2010, le club se donne de nouvelles ambitions sous l'impulsion d'un nouveau staff. Le renouveau est en marche sous le nom de Mulhouse Basket avec Jean-Aimé Toupane comme parrain.